Fundator akademii
Troska o światłe społeczeństwo i ambicje naukowe Jana Zamoyskiego, doktora obojga praw, dawnego rektora Uniwersytetu Padewskiego, skłoniły go do założenia trzeciej w Polsce wyższej uczelni-Akademii Zamojskiej. Do tej pory w Polsce istniały dwie Akademie: Krakowska - założona przez Kazimierza Wielkiego w roku 1364 i Wileńska - założona przez Stefana Batorego w roku 1578. Ideę jej utworzenia realizował ten wielki humanista z trudem i powoli, bowiem przedsięwzięcie to wymagało wielu zabiegów organizacyjnych.Pewnym krokiem naprzód było założenie w 1589 roku gimnazjum w Zamościu, którego kierownictwo powierzono znanemu poecie lubelskiemu, doskonałemu znawcy kultury klasycznej -Sebastianowi Klonowicowi. Wzorem dla powstającej szkoły stało się znane ariańskie gimnazjum w Lubartowie prowadzone przez Wojciecha z Kalisza, wychowanka głośnego Gimnazjum Jana Sturma w Strasburgu, którego również sam fundator był w młodości uczniem.
Jak pisze Jan Malarczyk w art. "Akademia Zamojska" (zam. w "Zamość i Zamojszczyzna w dziejach i kulturze polskiej" pod red. K. Myślińskiego, wyd. Zamość 1969): "Zamoyski, który porzucił kalwinizm i przyjął wyznanie rzymskokatolickie, będąc na studiach w Padwie, wykorzystał w swoim gimnazjum bogate tradycje szkół różnowierczych, zwłaszcza ariańskich, doskonale się rozwijających na ziemi lubelskiej. Podobny poziom osiągnęło również nowe gimnazjum, wszechstronnie rozwijające umysłowość uczniów, zwłaszcza zdolność prowadzenia dyskusji".
W 1593 roku dojrzał plan powołania wyższej uczelni. Miała to być według Zamoyskiego szkoła obywatelskiego wychowania, instytucja naukowa przygotowująca młodzież szlachecką do przyszłego życia publicznego i obowiązków senatorskich. Jej utworzenie ogłosił publicznie kanclerz 5 kwietnia 1594 roku. Akademia obwieściła światu swe istnienie specjalnym pismem wydanym piękną łaciną i rozesłanym po całej Europie. Zawarto w nim informacje o powstającej szkole, jej celach i zachętę do wstępowania w progi nowej wszechnicy.
Fundację Akademii Zamojskiej zatwierdził swoją bullą papież Klemens VIII 29 października 1594 roku, dodając jednocześnie do godła Akademii Zamojskiej swój herb rodowy (herb rodu Aldobrandinich składa się z drabiny Jakubowej i 6 gwiazd ją otaczających). Wymieniona bulla przyznawała akademii wszelkie prawa uniwersytetu o trzech fakultetach: filozofii, prawa i medycyny wraz z nadawaniem stopni akademickich i promowaniem własnych doktorów.
Uroczyste otwarcie Akademii Zamojskiej nastąpiło 15 marca 1595. Ku upamiętnieniu tej daty fundator Akademii proklamował specjalną "Odezwę do Polaków" głoszącą pochwałę nauki i zachęcającą do studiów. Pisał: "Gdy lud w ciemności, walą się królestwa, upadają mocarstwa, same dostojeństwa ciężarem się stają".
Głównym pomocnikiem kanclerza i współtwórcą instytucji oświatowo - kulturalnych w Zamościu: Akademii oraz związanej z nią drukarni i biblioteki, był znakomity filolog i poeta Szymon Szymonowic. Jego wkład w organizację akademii ukazuje Adam Andrzej Witusik w pracy "O Zamoyskich, Zamościu i Akademii Zamojskiej" (Wyd. Lub. 1978) pisząc: "Szymon Szymonowic jako współorganizator Akademii Zamojskiej, między innymi skompletował zespół profesorski, udzielając rad i wskazówek przy tworzeniu podstaw organizacyjnych, układaniu programu, planu nauk i regulaminów wewnętrznych. Przy werbowaniu profesorów do pracy w Akademii Szymonowic wykazywał sporo troski o to, aby nie ściągać do Zamościa ludzi przypadkowych, ale najlepsze umysły, jakie można było znaleźć w Rzeczypospolitej".
Studia były dwustopniowe: kurs niższy-pięcioletni, i wyższy-sześcioletni, akademicki, złożony z siedmiu różnorodnych katedr, tworzących jednak zwartą, logiczną całość. Przyjmowany do akademii siedmioletni chłopiec rozpoczynał naukę od czytania i pisania w języku polskim. Po opanowaniu tych umiejętności przystępował do nauki alfabetu łacińskiego i greckiego, a następnie do przyswajania gramatyki obydwu tych języków. W klasie drugiej, dwuletniej, uczył się prozodii (dział językoznawstwa zajmujący się badaniem akcentu, intonacji oraz ich zastosowaniem w poezji), zasad składni języka łacińskiego i greckiego. Ponadto interpretowano tutaj łatwiejsze listy Cycerona i listy greckie.
Klasa trzecia, podobnie jak druga dwuletnia, wkraczała już w początki retoryki (sztuka przemawiania), opierając się na przykładach nie tylko łacińskich i greckich, lecz także polskich. Uczono także historii filozofii oraz historii politycznej państw starożytnych.
Po ukończeniu klasy trzeciej scholar zamojski rozpoczynał studia akademickie. Program kursu akademickiego zamojskiej Almae Matris obejmował siedem katedr. Pierwsze cztery katedry (matematyki, logiki z metafizyką, filozofii naturalnej z medycyną oraz elokwencji) realizowały rozszerzony program, którego poziom oscylował między poziomem wyższych klas szkoły średniej a poziomem uniwersyteckim. Funkcje właściwych studiów wyższych spełniały dopiero pozostałe trzy katedry: filozofii moralnej i polityki, prawa powszechnego oraz prawa polskiego. Językiem wykładowym była łacina i greka.
Uczelnią kierował kanclerz, którym z urzędu był biskup chełmski. Władze uczelni stanowili: corocznie wybierany rektor, dziekan akademii, kwestor (zajmował się sprawami gospodarczymi) i czterej radni (3 profesorów i student). Pierwszym rektorem akademii został Melchior Stefanowicz (Stefanides), doktor filozofii, wychowanek Akademii Krakowskiej. Odegrał on znaczącą rolę w organizacji uczelni. Jego imię nosi dziś jeden z zamojskich placów. Celem zapewnienia stałego dopływu profesorów, fundator uposażył założoną kapitułę kolegiacką, której członkowie mieli obowiązek nauczania w akademii. Ścisłe złączenie uczelni z kolegiatą było przyczyną długoletnich sporów kompetencyjnych, które hamowały rozwój Akademii.
W szerokim programie edukacji humanistycznej nie pominięto religii. Jej nauczanie rozpoczęto po utworzeniu katedry teologii w 1603 roku, kierował nią mgr teologii, franciszkanin Dominik Convalis.
Student ówczesny zdobywał wszechstronną wiedzę, np. w katedrze matematyki oprócz wiedzy z przedmiotu wykładano także geografię, miernictwo, astronomię i muzykę. Przy akademii powstała bursa, w której znalazło schronienie 50 niezamożnych studentów - Akademia zapewniała im pełne utrzymanie wraz z ubraniem i książkami.
Do najznamienitszych naukowców w zespole profesorskim należeli:
- Adam Burski, dr filozofii, wychowanek Akademii Krakowskiej - pozostawił po sobie bogatą spuściznę pisarską, m.in. Dialektykę Cycerona.
- Szymon Birkowski, dr nauk medycznych, filolog i filozof, absolwent Akademii Krakowskiej i Uniwersytetu w Padwie.
- Jan Ursinus, dr filozofii oraz nauk med., ukończył studia w Akademii Krakowskiej i na uniwersytecie w Padwie, oprócz zajęć dydaktycznych w Akademii pełnił obowiązki nadwornego lekarza Jana Zamoyskiego i nauczyciela jego syna Tomasza.
- Tomasz Drezner, dr obojga praw, studia prawnicze odbywał w Orleanie, Paryżu, Bourges, Padwie i Rzymie, gdzie obronił doktorat, był nauczycielem syna Jana Zamoyskiego - Tomasza oraz wykładowcą w katedrze prawa Akademii Zamojskiej.
Po śmierci fundatora Akademia Zamojska stała się uczelnią pełną, wielowydziałową. W 1648 roku papież Innocenty X wydał pozwolenie na otwarcie fakultetu teologicznego.
Akademia miała swoje wzloty i upadki. Po 190 latach działalności została zamknięta przez zaborcę austriackiego. Dziś o jej wspaniałej przeszłości zaświadcza najokazalszy na starówce zamojskiej gmach. Na jego frontonie widnieje napis: Academia Zamoscensis MDXCIV - MDCCLXXXIV. Jej bogate tradycje, dorobek i wkład w dorobek nauki polskiej stara się od wielu lat ukazywać na łamach periodyków dr Bogdan Szyszka, autor pracy "Akademia Zamojska 1594 - 1784".